Sub Pop comincia come fanzine. Bruce Pavitt la fonda nel 1980 a Olympia, nello stato di Washington, con il titolo Subterranean Pop, e allega fin da subito cassette con band underground americane. Trasferitosi a Seattle, tiene una rubrica sul giornale The Rocket e nel 1986 pubblica la compilation Sub Pop 100. Con l'arrivo di Jonathan Poneman nel 1987, il marchio cambia passo. Poneman investe nel primo disco dei Soundgarden e il 1° aprile 1988 i due fondano ufficialmente Sub Pop Records.
I primi dischi si leggono oggi come un elenco di nomi che hanno cambiato il rock. Nel 1987 escono Dry as a Bone dei Green River, band in cui suonavano futuri membri di Mudhoney e Pearl Jam, e Screaming Life dei Soundgarden. Nel 1988 è la volta di Superfuzz Bigmuff dei Mudhoney, con Touch Me I'm Sick, e del primo singolo dei Nirvana, Love Buzz. Bleach arriva nel 1989, registrato con il produttore Jack Endino per 606 dollari e 17 centesimi, pagati dal chitarrista Jason Everman, accreditato nel disco pur senza suonarvi.
Sub Pop cura la propria immagine quanto i dischi. Il Singles Club spedisce agli abbonati un 45 giri in tiratura limitata ogni mese, le magliette con la scritta Loser diventano oggetti da collezione e lo slogan di casa è "Going out of business since 1988". Nel febbraio 1989 il giornalista inglese Everett True racconta Seattle in un servizio di copertina sul Melody Maker, e la stampa britannica comincia a guardare verso il Pacifico nord-occidentale.
Il successo sposta presto gli equilibri. I Soundgarden passano alla A&M già nel 1989, i Nirvana firmano con la DGC nel 1991 e pubblicano Nevermind. Nel 1995 Sub Pop cede il 49% della società alla Warner Bros. e resta comunque indipendente nella gestione del catalogo.
Finita la stagione grunge, la label allarga lo sguardo. Escono Diary dei Sunny Day Real Estate (1994), Oh, Inverted World degli Shins (2001), Give Up dei Postal Service (2003), certificato disco di platino nel 2012 e secondo titolo più venduto della label dopo Bleach, e l'album d'esordio dei Fleet Foxes (2008). Oggi Sub Pop ha ancora sede a Seattle e i Mudhoney pubblicano ancora con lo stesso marchio.
